通过质谱的蛋白分析和鉴定首先要求将蛋白打碎成组成的肽段。一旦蛋白被打碎，肽段可以被分离通过使用反向色谱柱然后使用质谱来检测肽和肽段。

1、蛋白酶和蛋白的鉴定 

     通过蛋白酶打碎蛋白来用分析，其中最常用的是胰蛋白酶. 蛋白酶是序列特异性的从而能够产生最好的蛋白消化。其他蛋白酶用于特定性的序

列， 然而更加多样性的全面性的蛋白酶或许用于整个质谱的过程。理想情况下，用于质谱的蛋白酶能够适用于多种策略用于消化同时已经在质谱仪

器配套使用中中已经得到检测. 当提到蛋白酶，消化时间和切割特异性是最重要的因素。消化时间或许影响质谱结果的可靠性，而切割会影响分离

的肽。

2、蛋白酶的分配，运输和储存 

      蛋白酶在溶液中和胶中产生出来，单独的蛋白酶被分离出来，这样可以有用和方便的在实验室中使用。溶液中的蛋白酶倾向于用于小量的样

品， 而胶中的悬浮液用于更加复杂的操作需要余外的控制。不管怎样，蛋白酶的质量是平等的进行验证，蛋白酶的效果应该是连续的。 

3、在质谱中胰蛋白酶的角色 

      胰蛋白酶的特性使它非常适合于质谱的鉴定，这就是胰蛋白酶为什么是最常见使用的蛋白酶。胰蛋白酶能够切割蛋白到非常适用于质谱的尺

寸，在 700 到1500道尔顿. 除此之外，胰蛋白酶是有效的和多样性的, 能够包含其他所需要的添加剂因此可以根据测序完成的情况进行方案的定

制。胰蛋白酶对于赖氨酰-脯氨酸化学键和精氨酰-脯氨酸化学键进行非常有限的切割，而留下在精氨酸和赖氨酸残基羧基端的肽键。最重要的，胰

蛋白酶能够最好的消化蛋白用于肽段分析和测序分析。这使它成为得到可靠结果最快和最容易的方式。 

胰蛋白酶在实验室中的用处

在质谱的使用中，胰蛋白酶用于品质和甲基化的测试用于提高实验室中的稳定性。胰蛋白酶可以高度抵抗降解和自溶，在标准的温度下它非常稳

定。  从实用角度讲，胰蛋白酶对于实验室来说是很有价值的因为它的高度稳定性; 它不需要额外的关注不管是运输还是储存。猪和牛来源的胰蛋白

酶对于质谱应用来说效果都不错, 不过猪胰蛋白酶更加常见。胰蛋白酶通常在特定体积的再悬浮缓冲液中保存提供。通常推荐胰蛋白酶蛋白比率

在 1:20和 1:100 在质谱过程中. 

当操作质谱实验的时候,通常手头有最好的消耗品是非常重要的。质谱实验会因为蛋白酶不稳定或蛋白没有得到充分消化而失败。为了质谱实验的目

的，胰蛋白酶是经过精制的，稳定的，经过测试的来保证它会提供可靠和准确的结果当用于质谱鉴定的时候。尽管也有其他的蛋白酶可以用于质谱

实验，胰蛋白酶可以提供最好的和最可靠的读数。