一旦蛋白质被SDS-PAGE或二维电泳分离, 蛋白可以通过不同的染色步骤进行观察。对于这个应用，世界上大部分实验室使用三种常规的蛋白染
色技术: 考马斯亮蓝, 银染色或荧光染色. 因此, 你如何知道哪种染色最适用于质谱?下面是你需要了解的信息来帮助你做出正确的决策。
凝胶染色101: 理解基础原理
操作完SDS-PAGE之后, 将胶盒拆掉，薄的聚丙烯酰胺胶被放置到装有水或者合适缓冲液的托盘上。电泳后的蛋白，呈现出浓缩条带镶嵌到凝胶
基质中，结合到阴离子SDS去污剂中. 为了使这些条带可见，这些凝胶基质需要被蛋白特定性的，染料结合或颜色产生化学物，比如银染试剂或考马
斯亮蓝试剂.
为了得到最好的结果，您选择的染色技术应该可以提供有力的，快速，以及简单的步骤，同时应该有高灵敏度和高的重复性，以及广泛的线性
动力学范围。除此之外，它应该兼容于下游的技术比如蛋白抽提和定量, 蛋白印迹, 以及质谱。
哪种蛋白染色可以选择用于下游的质谱？
所有的染色技术有他们自己的优势和缺点因此您确实需要了解更多这样才可以做出正确选择。
银染试剂
银染染色是目前来说最灵敏的显色方法用于检测和观察蛋白. 这种技术利用银离子能够强烈的结合到某些蛋白功能集团上，比如羧酸集团(Asp
和 Glu),咪唑(His), 硫氢基 (Cys), 以及氨基 (Lys). 在显色溶液的帮助下，银离子还原成银金属从而出现了可视化的条带.
既然这种技术提供最高的灵敏度 (它可以用于检测低于1ng的蛋白) 同时对于涉及到微量蛋白的应用来说会非常有用,同时它在使用中也有很多
缺点. 包括如下:
· 它是时间和劳动密集型的. 染色过程涉及多个步骤和试剂，凝胶染色之后需要加入显色剂. 因为显色需要的时间在各个胶之间变动很大，使用
这个技术不能保证在定量分析中足够的重复性。
· 狭窄的线性动力学范围. 这使得银染不是非常适合进行定量.
· 不能染色所有的蛋白. 银染不好的地方在于不能对于常见翻译后的蛋白修饰，比如糖蛋白和磷酸化蛋白进行染色。
· 对于下游的应用提供有限的兼容性。传统的银染要求使用戊二醛或甲醛，这些化学物质能够导致凝胶中蛋白的化学交联。这限制了兼容方法
的数量用于质谱分析。最新的质谱兼容银染方法已经有商用的产品能够提供更大的兼容性，但是仍然和传统的银染方法一样有相同的缺点。
考马斯亮蓝染色
这可能是在全世界实验室中最广泛了解的蛋白染色技术. 有两种主要类型的考马斯亮蓝染色， - 原始考马斯亮蓝染色和胶质考马斯亮蓝染色.
在经典的考马斯亮蓝染色技术中，蛋白凝胶和考马斯亮蓝染料溶液一起孵育。因为这个过程染色所有的凝胶，所以之后通常使用甲醇/乙酸的脱色溶
液进行漂洗来使蛋白条带可视化。
然而这种技术相对于银染来说被认为灵敏度不够(它的检测极限是大约100ng)以及有低的可重复性。许多科研人员习惯于使用这种技术是因为
它比较便宜以及操作简单。除此之外，它不会修饰靶蛋白以及和质谱兼容。这个技术也被证明是足够充分的对于简单的任务比如可视化重组蛋白或
生产抗体.
为了克服银染和原始考马斯亮蓝技术的局限性，研发人员现在使用胶质考马斯亮蓝染色来替代. 这种技术提供更高的灵敏度 (检测极限大约
4ng) 和可重复性 (这种胶质染料不会渗透到胶中因此它不需要脱色)和原始考马斯亮蓝染色技术相比.除此之外，它对于涉及到低蛋白水平检测来说
是理想的应用同时和质谱非常兼容。
考马斯亮蓝染色主要的缺点在于比较低的灵敏度以及在质谱分析之前染料必须去除。
荧光染料
市场上有大量的荧光染料，他们中的绝大多数和质谱是兼容的。基本原理在于荧光染料和蛋白结合后能够被特定波长的发射荧光激活。荧光蛋
白染色和银染有相似的灵敏度，同时显示出增强的质谱效果。.
荧光染色确实也有一些缺点包括比较长的操作步骤(在一些情况下需要5个小时), 成本和仍然需要在质谱分析之前进行脱色.
反向染色
反向染色经常被忽视用于质谱的染色蛋白凝胶, 但是它和上面的染色方法相比确实有一些优点。
最常规的反向染色是锌染, 但是其他的金属染色，比如铜染, 也是可以的。这种染色通过沉淀金属到蛋白凝胶中, 然而SDS通过结合到蛋白上来
阻止沉淀。这样产生了反向或负染色凝胶图像因为凝胶染为白色 (锌)或绿色 (铜) 同时蛋白条带是透明的，未染色. 这带来了大量的优点因为无需脱
色同时蛋白没有因为染料的结合而得到修饰。
另外一个优势是这种染色提供和银染以及荧光染色同样的灵敏度，以及它不会被蛋白翻译后修饰所影响。这意味着所有的蛋白都可以被检测
到。
反向染色经常被忽视因为它确实需要一些额外的技巧来操作，但是为了得到干净，未染色的，未修饰的用于质谱分析的蛋白这种额外的努力是
值得的。
