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clontech R400492 ThruPLEX 血浆样本建库试剂盒
  • 品牌：TAKARA
  • 产地：美国
  • 货号：R400492
  • 发布日期： 2020-11-11
  • 更新日期： 2024-10-30
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产地 美国
品牌 TAKARA
货号 R400492
用途 文库构建
包装规格 96 Rxns
纯度 %
是否进口 是


clontech R400492 ThruPLEX 血浆样本建库试剂盒！！！

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产品名称：PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3

产品货号：R400492


  · 单细胞（或＜15 pg DNA）起始，可获得可重复的结果

  · 等位基因再现性
  · 易于使用和自动化
  · 应用广泛，可以用于微阵列，PCR等      


技术原理：
PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA，获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后，进行低背景的PCR扩增，并在3小时内获得微克级产物。
     除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异（CNV）分析外，该试剂盒通过使用高保真酶，尽可能减少扩增误差，并能检测单核苷酸变异（SNV）。      

图1.  PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技术


     

图2.  基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit  v3的CNV检测

以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在Illumina MiSeq（PE 75）进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后，与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels，校准归一化至100万reads，使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative  Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。
     

图3.  PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高

以GM12878的单细胞样本起始（一式两份），分别使用PicoPLEX WGA v3，A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物，使用Illumina Nextera XT Kit制备文库，并在MiSeq（PE 75）进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对，归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制，计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。
     
Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差，没有排除相关点，所以图表的比例不同。
       Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。


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